अमेरिका द्वारा बलूच लिबरेशन आर्मी (BLA) और मजीद ब्रिगेड को आतंकी संगठन घोषित करने के बाद, पाकिस्तान में सक्रिय आतंकी संगठनों पर सवाल खड़े हो गए हैं। पाकिस्तान में 78 साल में ही लगभग 80 आतंकी संगठन सक्रिय हैं। इनमें से कई पर प्रतिबंध लगे हैं, लेकिन उनका नेटवर्क अभी भी मौजूद है।
कई संगठनों को पाकिस्तान सरकार का समर्थन प्राप्त होने की बात कही जाती है। इन संगठनों में लश्कर-ए-तैयबा (LeT), जैश-ए-मोहम्मद (JeM), हक्कानी नेटवर्क और इस्लामिक स्टेट-खुरासान (ISIS-K) प्रमुख हैं। लश्कर-ए-तैयबा 1990 के दशक में भारत के खिलाफ एक प्रॉक्सी संगठन के रूप में उभरा। जैश-ए-मोहम्मद आत्मघाती हमलों के लिए जाना जाता है। हक्कानी नेटवर्क ISI का हिस्सा है और अफगानिस्तान-पाकिस्तान सीमा पर काम करता है। ISIS-K, TTP के गुटों से बना है और इसे पाकिस्तानी सुरक्षा एजेंसियों का समर्थन प्राप्त है।
पंजाब प्रांत में सबसे ज्यादा 34 आतंकी संगठन सक्रिय हैं। खैबर पख्तूनख्वा में 21 और बलूचिस्तान में 19 आतंकी संगठन मौजूद हैं। सिंध प्रांत, खासकर कराची, आतंकी गतिविधियों का केंद्र बन गया है, जहां कई संगठन सक्रिय हैं।